Inspiracje projektowe – szafa duża.

1. Centralna wieża piszczałkowa wywodzi się z kształtów wieży kościelnej i bocznych ścian kościoła. 
2. Ukośne linie wieży organowej, pól piszczałkowych oraz innych elementów wywodzą się z linii ukośnych, które można znaleźć w wielu elementach architektury kościoła. 
3. Amfiteatralne rozszerzanie się pól piszczałkowych przypomina kształt krzyża z San Damiano. 
4. Gładkie jasne drewno dębowe przypomina bogactwo świeckie, którego wyrzekł się Franciszek. 
5. Dębowe drewno ustępuje szorstkiemu drewnu szczotkowanemu oznacza Franciszka, który „ubiera się w ubóstwo”. 
6. Piszczałki cynowe nad drewnem symbolizują skarby duchowe, które Franciszek odnalazł dzięki ubóstwu.

Projekt pozytywu (szafy małej) jest koncypowany inwersyjnie do designu szafy głównej.

1. Pośrodku znajduje się pole z najmniejszymi piszczałkami, na bokach są wieże piszczałkowe zawierające największe piszczałki prospektowe.
2. Na głównej szafie organowej zakryta jest środkowa wieża piszczałkowa a w pozytywie są zakryte wieże piszczałkowe boczne. 
3. Na pozytywie pola piszczałkowe otwierają się w kierunku do wnętrza chóru a linie ukośne pól piszczałkowych opadają w kierunku od środka na zewnątrz.

Częścią do realizacji jest również projekt balustrady empory, która obejmuje balkon chóru.

Na całą koncepcją budowy organów od strony muzycznej czuwa dr hab. Michał Markuszewski, wybitny organista, prof. Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina Warszawie. Jest On również pomysłodawcą koncepcji muzycznej, projektu oraz dyspozycji głosów. Z dotychczasowymi osiągnięciami prof. Michała Markuszewskiego można się zapoznać pod podanym linkiem https://chopin.edu.pl/pracownicy/168_michal-markuszewski

Według przyjętej koncepcji organy będą posiadać 25 głosów, to jest 1505 piszczałek (1503 grające i 2 atrapy w prospekcie), w tym unikatowy głos jakim jest Cymbał (zwany również cymbałem polskim) – nawiązujący do XVII i XVIII wiecznego polskiego budownictwa organowego, który znajdował zastosowanie szczególnie w renesansowych i barokowych organach w południowej Polsce.

To właśnie ten głos organowy sprawi, że instrument w Parafii św. Franciszka z Asyżu w Warszawie będzie unikatowy i jedyny taki w Warszawie. Cymbał niestrojony zwany polskim to piszczałka o szczególnej i charakterystycznej budowie. Składa się z nogi i wlutowanych do niej na stałe piszczałek, najczęściej sześciu. Miał on za zadanie wywoływać specyficzne szumy i podzwanianie. Zachowało się jedynie kilka instrumentów na terenie Polski, gdzie można usłyszeć brzmienie tego niezwykłego i rzadko spotykanego głosu organowego. M.in. w Archiopactwie Cystersów w Jędrzejowie oraz w renesansowych organach Bazyliki św. Andrzeja w Olkuszu. Zachęcamy do posłuchania brzmienia słynnych organów renesansowych w Olkuszu, które prezentuje w serwisie youtube dr hab. Krzysztof Urbaniak. Podczas tej prezentacji można również usłyszeć głos o jakim mowa – charakterystyczny cymbał polski (przedział czasu: od minuty 9.09 do minuty 10.20 nagrania).